La bioinformática a examen
La escasez de apoyo merma la investigación de las ciencias de la vida
No cabe duda de que, en la actualidad, sería inabordable investigar sobre el genoma y las proteínas sin la ayuda de las Tecnologías de la Información. A pesar de ello y de la conocida relevancia de la bioinformática en el desarrollo de estos proyectos, la inversión que se realiza en España al respecto sigue siendo escasa y son muchas las barreras que los investigadores y las empresas de este campo han de superar para acometer con éxito su labor.
El desarrollo de la genómica (estudio de los genes) y de la proteómica (estudio de las proteínas en correlación con los genes) ha propiciado la aparición de enormes cantidades de datos que los científicos se han apresurado a recoger, almacenar, analizar y secuenciar gracias a herramientas de bioinformática. Ésta, según el NCBI (Centro Nacional para la Información Biotecnológica de EE.UU.), es un campo de la ciencia en el que confluyen la biología, la computación y las tecnologías de la información, cuyo fin es facilitar el descubrimiento de nuevas ideas biológicas y crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan discernir principios unificadores en biología. Bases de datos, software de visualización, programas para control de reactivos y otros materiales, para análisis de secuencias o para predecir estructuras de proteínas, paquetes de integración y ensamblaje de mapas genéticos, software para clasificación y comparación, técnicas de inteligencia artificial y un largo etcétera, conforman parte del amplio elenco de herramientas bioinformáticas existentes.
En España, como recuerda el reciente informe, publicado por Cotec, “Biotecnología en la medicina del futuro”, no se han llevado a cabo grandes iniciativas e inversiones en genómica, genómica funcional (matrices de ADN) y proteómica, de modo que, su gran aliada, la bioinformática, tampoco ha sido especialmente beneficiada. Miguel Aracil, coordinador del informe que dirige proyectos de desarrollo científico en la compañía biofarmacéutica PharmaMar, asegura que en nuestro país debería haber políticas que apoyaran la creación de empresas de bioinformática, “una pieza clave para el estudio de la genómica, proteómica y farmagenómica y, por tanto, para crear nuevas terapias ante múltiples enfermedades”. Aún así, considera muy positiva la actividad que está realizando uno de los ejes vertebradores de la bioinformática en España: el Instituto Nacional de Bioinformática (INB).
Catalizador español de la bioinformática
Este Instituto nació en abril de 2004 a iniciativa de la Fundación Genoma España, creada en nuestro país para aunar esfuerzos públicos y privados en el ámbito de la biotecnología y potenciar este sector. La misión del INB es coordinar, generar y aplicar soluciones bioinformáticas a las necesidades surgidas en el desarrollo de proyectos genómicos y proteómicos. De este modo, además de fomentar el desarrollo de la bioinformática y la biología computacional en España, colabora y dar soporte técnico-científico a estos proyectos a nivel estatal, contribuye a crear grupos locales de bioinformática, forma a bioinformáticos para su integración en grupos de investigación, genera proyectos bioinformáticos propios y fomenta el desarrollo de empresas en este sector.
Alfonso Valencia, director general del INB, asegura que aún queda mucho camino por recorrer, pues sigue sin haber suficiente impulso gubernamental a la bioinformática. “Una de nuestras grandes lacras es que en España no hay bioinformáticos que provengan de áreas que no sea la biología, lo que enriquecería nuestra actividad. Esto no es así en otros países, como Alemania o Reino Unido, donde el Estado ha fomentado el acercamiento a este campo de físicos, informáticos o matemáticos”. Valencia explica que la creación de cátedras específicas de bioinformática dirigidas a informáticos en Reino Unido ha sido una iniciativa exitosa en este sentido.
Aún así, Valencia indica que la posición de España a nivel internacional es buena en investigación biotecnológica y el uso de la bioinformática. Eso sí, “esto no ha sido gracias a una financiación científica, ni a la captación de recursos o a la consolidación de este campo, sino más bien, a una cuestión de suerte y al esfuerzo investigador”.
Diagnóstico empresarial
En lo que respecta al ámbito empresarial, el informe de Cotec refleja una proliferación en España de empresas de bioinformática. Eso sí, según Federico Baeza, subdirector general técnico de Cotec, “la mayoría, con un capital social escaso de apenas dos millones de euros, surgen como spin-off de centros de investigación y universidades”. Algo lógico, según Valencia, “pues es un campo muy específico y de carácter científico”.
Valencia añade, además, que estas empresas se enfrentan a diversas dificultades: “por un lado, dado que el mundo científico tiende a utilizar software de libre distribución, deben adaptar sus herramientas a éste. Por otro, como el mercado biotecnológico no es excesivamente grande en España, ni hay compañías farmacéuticas de amplio tamaño dispuestas a realizar grandes adquisiciones, estas empresas tienen que internacionalizar su negocio para extraer beneficios. Finalmente, éstas suelen depender demasiado de los fondos públicos”.
Aún así, son muchas las compañías bioinformáticas que despuntan en nuestro país. BioAlma (co-fundada por el propio Valencia) y E-Biointel son dos de las más destacadas. Éstas, junto a la multinacional Applied BioSystems, que forma parte del consorcio que logró descifrar el genoma humano, colaboran con el INB para fomentar la competitividad del ámbito empresarial en bioinformática.
Pilares computacionales del INB
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El Instituto Nacional de Bioinformática (INB), que coordina, genera y aplica en España soluciones bioinformáticas a proyectos de genómica y proteómica, se sustenta en dos pilares computacionales: el Parque Científico de Madrid y el Barcelona Supercomputing Center, en el Centro Nacional de Supercomputación. Ambos proporcionan hardware específicamente dedicado al INB, bases de datos, sistemas de servidores y otros métodos y recursos computacionales. Como señala Alfonso Valencia, director general del INB, “dado que ya trabajábamos antes con la Universidad Politécnica de Barcelona, uno de los promotores del BSC, comenzar a trabajar con este centro fue inmediato. Contar con su colaboración y recursos supone una gran oportunidad para avanzar en supercomputación en el ámbito de la biología”.
El desarrollo de la genómica (estudio de los genes) y de la proteómica (estudio de las proteínas en correlación con los genes) ha propiciado la aparición de enormes cantidades de datos que los científicos se han apresurado a recoger, almacenar, analizar y secuenciar gracias a herramientas de bioinformática. Ésta, según el NCBI (Centro Nacional para la Información Biotecnológica de EE.UU.), es un campo de la ciencia en el que confluyen la biología, la computación y las tecnologías de la información, cuyo fin es facilitar el descubrimiento de nuevas ideas biológicas y crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan discernir principios unificadores en biología. Bases de datos, software de visualización, programas para control de reactivos y otros materiales, para análisis de secuencias o para predecir estructuras de proteínas, paquetes de integración y ensamblaje de mapas genéticos, software para clasificación y comparación, técnicas de inteligencia artificial y un largo etcétera, conforman parte del amplio elenco de herramientas bioinformáticas existentes.
En España, como recuerda el reciente informe, publicado por Cotec, “Biotecnología en la medicina del futuro”, no se han llevado a cabo grandes iniciativas e inversiones en genómica, genómica funcional (matrices de ADN) y proteómica, de modo que, su gran aliada, la bioinformática, tampoco ha sido especialmente beneficiada. Miguel Aracil, coordinador del informe que dirige proyectos de desarrollo científico en la compañía biofarmacéutica PharmaMar, asegura que en nuestro país debería haber políticas que apoyaran la creación de empresas de bioinformática, “una pieza clave para el estudio de la genómica, proteómica y farmagenómica y, por tanto, para crear nuevas terapias ante múltiples enfermedades”. Aún así, considera muy positiva la actividad que está realizando uno de los ejes vertebradores de la bioinformática en España: el Instituto Nacional de Bioinformática (INB).
Catalizador español de la bioinformática
Este Instituto nació en abril de 2004 a iniciativa de la Fundación Genoma España, creada en nuestro país para aunar esfuerzos públicos y privados en el ámbito de la biotecnología y potenciar este sector. La misión del INB es coordinar, generar y aplicar soluciones bioinformáticas a las necesidades surgidas en el desarrollo de proyectos genómicos y proteómicos. De este modo, además de fomentar el desarrollo de la bioinformática y la biología computacional en España, colabora y dar soporte técnico-científico a estos proyectos a nivel estatal, contribuye a crear grupos locales de bioinformática, forma a bioinformáticos para su integración en grupos de investigación, genera proyectos bioinformáticos propios y fomenta el desarrollo de empresas en este sector.
Alfonso Valencia, director general del INB, asegura que aún queda mucho camino por recorrer, pues sigue sin haber suficiente impulso gubernamental a la bioinformática. “Una de nuestras grandes lacras es que en España no hay bioinformáticos que provengan de áreas que no sea la biología, lo que enriquecería nuestra actividad. Esto no es así en otros países, como Alemania o Reino Unido, donde el Estado ha fomentado el acercamiento a este campo de físicos, informáticos o matemáticos”. Valencia explica que la creación de cátedras específicas de bioinformática dirigidas a informáticos en Reino Unido ha sido una iniciativa exitosa en este sentido.
Aún así, Valencia indica que la posición de España a nivel internacional es buena en investigación biotecnológica y el uso de la bioinformática. Eso sí, “esto no ha sido gracias a una financiación científica, ni a la captación de recursos o a la consolidación de este campo, sino más bien, a una cuestión de suerte y al esfuerzo investigador”.
Diagnóstico empresarial
En lo que respecta al ámbito empresarial, el informe de Cotec refleja una proliferación en España de empresas de bioinformática. Eso sí, según Federico Baeza, subdirector general técnico de Cotec, “la mayoría, con un capital social escaso de apenas dos millones de euros, surgen como spin-off de centros de investigación y universidades”. Algo lógico, según Valencia, “pues es un campo muy específico y de carácter científico”.
Valencia añade, además, que estas empresas se enfrentan a diversas dificultades: “por un lado, dado que el mundo científico tiende a utilizar software de libre distribución, deben adaptar sus herramientas a éste. Por otro, como el mercado biotecnológico no es excesivamente grande en España, ni hay compañías farmacéuticas de amplio tamaño dispuestas a realizar grandes adquisiciones, estas empresas tienen que internacionalizar su negocio para extraer beneficios. Finalmente, éstas suelen depender demasiado de los fondos públicos”.
Aún así, son muchas las compañías bioinformáticas que despuntan en nuestro país. BioAlma (co-fundada por el propio Valencia) y E-Biointel son dos de las más destacadas. Éstas, junto a la multinacional Applied BioSystems, que forma parte del consorcio que logró descifrar el genoma humano, colaboran con el INB para fomentar la competitividad del ámbito empresarial en bioinformática.
Pilares computacionales del INB
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El Instituto Nacional de Bioinformática (INB), que coordina, genera y aplica en España soluciones bioinformáticas a proyectos de genómica y proteómica, se sustenta en dos pilares computacionales: el Parque Científico de Madrid y el Barcelona Supercomputing Center, en el Centro Nacional de Supercomputación. Ambos proporcionan hardware específicamente dedicado al INB, bases de datos, sistemas de servidores y otros métodos y recursos computacionales. Como señala Alfonso Valencia, director general del INB, “dado que ya trabajábamos antes con la Universidad Politécnica de Barcelona, uno de los promotores del BSC, comenzar a trabajar con este centro fue inmediato. Contar con su colaboración y recursos supone una gran oportunidad para avanzar en supercomputación en el ámbito de la biología”.
